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直至贞观十五年二月，李世民率领官员南巡至洛阳，却接到一份密奏，上面说到侯君集攻灭高昌国后，在未经朝廷允许的情况下，不仅将没罪的高昌人发配流放，还私自扣留了不下三百人，其中侯君集自己便留了两名极其美丽的女子在自己府中。
昨夜李宽闯入府中之时，在房中的那名侍妾便是高昌女子之一，余下的则是被其余将领分了，另外灭了高昌国以后，侯君集进入宝库私藏了部分奇珍异宝全部藏匿于自己府中。
侯君集所为军中一些有官阶的将领得知以后，不仅没有阻止，也没有奏报反而效仿其行为，大肆抢夺奇珍异宝，使得高昌国遭受到前所未有的巨大损失。并且，侯君集在之后害怕他们鱼死网破将自己供出去，所以他也选择不管不顾，睁一只眼闭一只眼。
李世民得知此事后，愤怒无比却又不能立即动侯君集。此时的侯君集已经牢牢坐稳兵部尚书之职，而且在朝中也有关系交好的官员，军中也有威望，又有功于朝廷，所以李世民将此事藏在心中，暗自部署一切。
冷静以后的李世民，立即派人秘密彻查此事，正如密奏说的那样，事实上侯君集所作所为更是罪无可赦。只不过李世民没着急办他，反而趁此机会再次出巡，这次前往并州，任命李勣为兵部尚书便是由此考虑出发的。
唐临居于大堂之中，当众宣读了侯君集所犯之罪，质问道：“汝可认罪？”
“尚书大人，不知我所犯何罪？”侯君集气定神闲地回答，丝毫没觉得自己犯了罪，长孙无忌面无表情的说道：“陈国公，难道你认为自己所作所为是正确的？”
“敢问赵国公，君集所犯可有实证？”侯君集很自信，他已经做了就已经想好了退路，那些将士亲眼所见又有什么关系，只要他咬紧牙关让他们拿出证据来，又有谁知道他到底做了什么？
并且，那些东西也并未隐藏在府中，所以侯君集相信他们拿不出真凭实据来。再说了，要是那些将士指证自己，大不了就狡辩一二。况且，他侯君集可是开国功臣，凭着这份战功他丝毫不惧。
“陈国公此话的意思，是说那些将士所言都是诽谤之词？”崔仁师淡然自若的说着，侯君集斩钉截铁的点头：“他们均是道听途说罢了，我侯君集深得皇上器重，焉能做出那些违法之事？他们不过是因为自己乱了法纪，栽赃诬陷于我，还请崔廷尉主持公道！”
如果没有真凭实据，仅仅是将士的证言的确是没办法判侯君集的罪，而且他有国公爵位，这事处理不好就会引起一番争论。事到如此，三人也是无奈，只能暂且将侯君集关押至大理寺狱，待找到新的证据再审。
长孙无忌、唐临、崔仁师三人均与侯君集同朝为官，抬头不见低头见，总不能对他动刑。若是真的动了刑，就算侯君集认罪了，他也可以在皇上回京后翻工，说是屈打成招，这样一来就更难办了。